Da der Beitrag an einem jüdischen Feiertag erschien, konnte die israelische Regierung nicht sofort darauf reagieren. „Barghouti ist [kein gewöhnlicher] Häftling“, sagt Israels stellvertretende Außenministerin Tzipi Hotovely: „Er ist ein verurteilter Mörder und ein Terrorist. Die ‚New York Times’ hat einem Terroristen eine Bühne gegeben, ohne auf die Tatsache hinzuweisen, dass er kaltblütige Morde an Juden geplant und ausgeführt hat, nur weil sie Juden waren. (…) Wenn eine große Zeitung, die den Ruf eines verantwortlichen Journalismus hat, zur Bühne für einen Mörder wird, dann verleiht sie dem Terrorismus Legitimation.
Als Reaktion auf die Proteste aus dem In- und Ausland hat die NYT auf ihrer Website inzwischen die folgende Bemerkung hinzugefügt: „In dem Artikel wird die Haftstrafe des Autors angeführt, doch versäumt, durch Erwähnung der Vergehen, deretwegen er verurteilt wurde, einen hinreichenden Zusammenhang herzustellen. Es handelte sich um fünf Fälle von Mord sowie um Mitgliedschaft in einer terroristischen Organisation.“
Barghouti war der Anführer der Terrororganisation Tanzim, die PLO-Chef Jassir Arafat 1995, zwei Jahre nach der Unterzeichnung des ersten Osloer Friedensabkommens, gegründet hatte. Bekannt wurde die Tanzim durch eine Reihe äußerst brutaler Anschläge auf jüdische Zivilisten während der von Arafat befohlenen Mordwelle, die „Zweite Intifada“ genannt wird.