In der Absicht, ihren Kampf für einen islamischen Gottesstaat auch in Europa fortzuführen, kamen afghanische und iranische Kämpfer schon in den neunziger Jahren nach Bosnien-Herzegowina. Nach den Anschlägen vom 11. September 2001 wurden in dem traditionell weltlichen Land mehrere mutmaßliche Mujahedin festgenommen, die Sfor-Truppen verschärften ihre Sicherheitsmaßnahmen.
Weitgehend verschont von den verbalen Attacken militanter Muslime blieb die kleine jüdische Gemeinde Bosniens. Mit ihrem Präsidenten, Jacob Finci, der auch an der Einrichtung einer Wahrheitskommission nach südafrikanischem Vorbild arbeitet.